เหล่าขบวนการนินจาเต่ากลับมาผดุงความยุติธรรมอีกครั้ง!!! หลังจากพวกนินจาเต่า ลีโอนาโด, ไมเคิลแองเจโล, โดนาเทโลและ.ราฟาเอล ปราบเหล่าร้ายสำเร็จพวกเขาต่างแยกย้าย ไปคนละทิศละทาง ในที่สุด มาสเตอร์ สปลินาเตอร์ รู้สึกกังวลใจกับสิ่งแปลกประหลาด ที่เกิดขึ้นภายในนิวยอร์คซิตี้ จอมวายร้ายได้สะสมกำลังเพื่อที่จะยึดครองโลกใบนี้ มาสเตอร์ สปลินาเตอร์ จึงเรียกพวกเขากลับมารวมตัวกันอีกครั้ง มีแต่ซุปเปอร์นินจาเต่าเท่านั้นที่จะยุติ เรื่องร้ายและ.กำจัดจอมวายร้ายเหล่านี้ให้หมดไปจากโลกใบนี้ได้ การผจญภัยครั้งใหม่ของ ขบวนการนินจาเต่าจึงอุบัติขึ้น...จะมาสร้างความสนุกครั้งใหม่ให้แฟนๆเซุปเปอร์ฮีโร่ได้มันส์สะใจ...พร้อมระเบิดความมันส์!!!