เรื่องย่อ
ในตอนนี้เกิดคดีฆาตกรรมผู้พัฒนาเกมโคคูนในงานเปิดตัวเกมโคคูน ขณะที่ในโคคูน โปรแกรม Noah’s Ark เข้าควบคุมกลไกของโคคูนและปิดทางเข้าออกของเด็ก ๆ ผู้เล่นต้องไขปริศนาและจบเกมให้ได้ หากไม่มีใครทำได้ ผู้เล่นทั้งหมดจะต้องตาย โคนันต้องเอาตัวรอดจากเกมมรณะนี้ ในขณะที่ในโลกแห่งความเป็นจริง คุโด้ ยูซากุ ต้องไขคดีฆาตกรรมที่เกิดขึ้น